基于疏水性质的配置文件用于定义剪接的关键区域
摘要：基于亲水性特性，我们定义了新的轮廓，并指出邻近剪接位点的特定轮廓。我们构建了一个基因的侧翼区域集合T，这些基因来自第21和第22染色体的1-3个内含子。这些基因包含313个内含子和385个外显子，从GenBank中提取出来。为了定义亲水性轮廓，它们被使用。大多数人类内含子约99.66\%可能是U2型内含子。它们具有高度退化的序列模体，许多不同序列可以作为U2型剪接位点。我们的新轮廓能够识别具有保守的生化特性的区域，这些区域对剪接体的识别至关重要。我们还发现了从SpliceRack数据库中提取的一组用于区分属于U2型和U12型的GT?AG内含子的切割位点的亲水性轮廓之间的差异。事实上，内含子类型不能仅通过二核苷酸末端来确定。我们表明，在内含子类型内，亲水性轮廓具有相似性。一方面，属于U2型的GT?AG和GC?AG内含子具有类似的亲水性轮廓，以及属于U12型的AT?AC和GT?AG内含子。另一方面，U2型和U12型的GT?AG内含子的亲水性轮廓完全不同。最后，我们定义和计算了一个p值；我们将我们的轮廓与经典方法Pictogram提供的轮廓进行比较。
作者：Anatoly Ivashchenko, Galina Boldina, Aizhan Turmagambetova, Mireille R''egnier
论文ID：0911.1066
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2009-11-06