腺苷酸激酶半原子模型中异质路径合集用于构象转变
摘要：使用多个半原子蛋白质模型，我们进行了腺苷酸激酶的"加权集合"路径采样模拟。我们的研究既探讨了构象转变的生物物理学，又探讨了在不牺牲良好采样的情况下提高模型准确性的可能性。从生物物理学角度看，路径集合显示出显著的异质性，以及开放-闭合转变中两个主要通路的显式可能性。我们最近发现，在特定条件下，正向和逆向转变之间存在"异质性对称性"：采取特定途径/通道的转变比例在两个方向上是相同的。我们根据对称关系及其条件对路径集合进行了分析。在建模领域，我们采用了全原子骨架和各种程度的残基相互作用。由于这些模型仅需要几周的单处理器计算时间进行合理的路径采样，因此进一步添加化学细节应该是可行的。
作者：Divesh Bhatt and Daniel M. Zuckerman
论文ID：0910.1582
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2010-02-25