未打扰和有噪声的广义布尔网络的动力学
摘要：基于生物学进展，在基因调控网络模型领域，我们多年来一直在建立模型，为了揭示这种高度复杂系统的新结构和动力学特性，本研究提出了一种新的随机布尔网络和无标度布尔网络的更新时间方法，这方法受到生物学的最新发现的启发。该更新序列既不是完全同步的，也不是异步的，而是考虑了基因相互影响的顺序。我们使用了Kauffman的原始模型和Aldana的扩展模型，这些模型考虑了实际基因调控网络已知部分的结构特性，其中度分布呈右偏和长尾分布。对新模型动力学的计算机模拟与原始模型相比表现出更好的结果，在吸引子数量和长度方面都显示出生物合理的结果。我们还对系统在短暂扰动下的稳定性进行了全面分析，这是生物网络定义属性之一。结果令人鼓舞，因为我们的模型在不失布尔网络吸引力的简洁性的同时，表现出与之前的模型相当甚至更好的行为。
作者：Christian Darabos, Marco Tomassini, Mario Giacobini
论文ID：0909.5297
分类：Adaptation and Self-Organizing Systems
分类简称：nlin.AO
提交时间：2009-09-30