DNA-蛋白质相互作用的动力学模型：蛋白质电荷分布和机械性能的影响
摘要：一种基于珠子和弹簧的力学模型，用于研究非特异性DNA-蛋白质相互作用[J. Chem. Phys. 130, 015103 (2009)]的模型进行了改进，将蛋白质描述为相互连接的珠子集合而不是单个珠子。本文首先将更新后的模型得到的结果与原模型进行比较，然后利用它来研究DNA采样动力学的几个方面，这些方面原模型无法解释。这些方面包括蛋白质电荷分布的规律性和/或随机性对DNA采样速度的影响，搜索位点的电荷和位置，以及蛋白质的形状和可变形性。我们还讨论了促进扩散的效率，即沿着DNA的一维滑动和细胞内的三维扩散的组合是否能比纯粹的三维扩散更快地进行DNA采样。
作者：Ana-Maria Florescu and Marc Joyeux
论文ID：0908.1623
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-10-29