二维DNA展示的建模
摘要：2D显示是一种快速经济的可视化多态性和比较基因组的方法，基于将DNA片段按大小和序列组成分离两个步骤的方法。在本文中，我们对一个模型的数字问题进行了详尽的研究，该模型旨在预测2D显示实验中DNA片段的最终绝对位置。我们证明，简单的表达式可以在两个维度上重现实验最终的绝对位置，误差比实验小。另一方面，我们的模拟也指出，2D显示实验的结果不足以确定第二维度分离片段的最佳参数集，需要额外进行少量序列的详细迁移度测量来实现这个目标。我们希望这项工作能够帮助建立模拟作为一个强大的工具，优化实验条件而不需要进行大量的初步实验，并估计2D DNA显示是否适合于识别预期在密切相关有机体的基因组之间存在的突变或遗传差异。
作者：Ana-Maria Florescu, Marc Joyeux and Benedicte Lafay
论文ID：0908.0230
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-10-29