基于接触强度的关键子网络揭示折叠动力学
摘要：蛋白质折叠动力学与原始状态的拓扑结构密切相关，两状态小单结构域蛋白质的折叠速率与相对接触次序（RCO）存在显著关联。然而，作为纯拓扑属性，RCO无法考虑到在折叠动力学中也起到重要作用的氨基酸残基相互作用。通过使用氨基酸残基间的统计接触势能，我们在接触网络中引入了权重，从而定义了加权RCO。通过使用加权RCO，我们可以抓住具有相同拓扑结构但具有不同序列信息的蛋白质的折叠动力学。通过根据成对相互作用的强度构建基本子网络，我们能够推断出在折叠事件中冗余的序列特征。我们对48个两状态蛋白质和超快速折叠蛋白质以及蛋白质CI2、蛋白质G和蛋白质L的突变体进行了分析。我们的结果表明：（i）原始残基网络的加权RCO和基本子网络的加权RCO与RCO一样与折叠速率存在显著相关关系；（ii）两态折叠对疏水相互作用非常关键；（iii）基本子网络可以区分突变体的折叠速率差异并揭示蛋白质的折叠偏好。
作者：Taisong Zou, Canan Atilgan, Ali Rana Atilgan, S. Banu Ozkan
论文ID：0907.3750
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-07-23