DNA杆模型中使用离散结构模拟的本构定律估计方法
摘要：DNA的连续杆模型已经成为描述DNA长尺度结构变形的有效工具，这对于理解许多生物过程如基因表达的本质至关重要。然而，在基于连续力学的DNA建模中，一个重要挑战是估计其构成法则，该法则来自其原子间键的刚度。实验和全原子分子动力学（MD）模拟表明，构成法则在DNA长度上是非线性且不均匀的（依赖序列）。本文提出了一种估计方法和使用离散结构模拟的验证研究。我们考虑一个简单的悬臂杆，具有人工构造的离散晶格结构，从而产生构成法则。然后模拟大变形。利用逆方法从这些变形中估计出有效的构成法则。最后，我们通过在连续杆模型中应用估计的法则，并将模拟结果与在不同悬臂加载条件下的离散结构模拟进行比较，来测试估计的法则。
作者：Adam R. Hinkle, Sachin Goyal, Harish J. Palanthandalam-Madapusi
论文ID：0906.1550
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-06-09