低亲和性的Integration Host Factor结合位点转化为高亲和性位点的机械转换
摘要：DNA弯曲在体内经常发生，然而DNA弯曲力对DNA蛋白结合亲和力的调节机制尚不明确。本研究报道了一系列DNA弯曲力如何调节Integration Host Factor (IHF)蛋白与不同DNA之间的结合。通过溶液荧光测定和电泳迁移位移实验，我们测量了IHF蛋白与具有不同弯曲力和序列突变的DNA之间的结合亲和力。弯曲力通过改变环状底物中双链DNA的比例或改变整体环的大小来调整。(1) DNA构建物含有一对用作亲和力测定探针的Forster Resonance Energy Transfer荧光染料，并且通过光学力传感器测量弯曲力的读出。小的弯曲力显著增加了结合亲和力，该效应在约3 pN后饱和。令人惊讶的是，当只能弱结合IHF的DNA序列通过环化机械弯曲时，它们比线性的“高亲和力”结合序列更紧密地结合IHF。这些结果表明，在偏离蛋白共识结合序列的位点，小的弯曲力可以极大地增加结合亲和力。由于细胞DNA受到力学变形和凝聚的影响，使用短线性DNA在体外测定的结构蛋白亲和力可能不反映体内的亲和力。
作者：Merek Siu, Hari Shroff, Jake Siegel, Ann McEvoy, David Sivak, Ann Maris, Andrew Spakowitz, Jan Liphardt
论文ID：0904.1900
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-04-14