AGBNP2隐式溶剂模型
摘要：AGBNP2隐式溶剂模型的推出旨在模拟传统连续介电模型未能描述的溶剂化效应。该模型是Analytical Generalized Born plus Non-Polar (AGBNP)模型的进化版本。为了模拟第一溶剂层效应，如氢键，引入了一种基于定位和评分溶剂化位点的方法的经验性溶剂化自由能成分。这个新成分被添加到改进后的Generalized Born和非极性AGBNP模型中，这些模型在描述溶质体积时也有所改进。我们引入了一种分析溶剂排除体积模型（SEV），可以减少常规范德华体积表示法中的假象高电介质空隙的影响。AGBNP2模型基于小分子的实验性溶剂化自由能和明确溶剂模拟的结果进行参数化和测试。对于第一壳溶剂化函数和SEV模型，模拟水的粒度是其主要设计原则之一，要求水位点具有基于一个水分子的大小的最小可用体积。我们展示了这个新的体积模型产生的Born半径和表面积与精确数值评估结果的良好一致性。一系列小型蛋白质的分子动力学模拟结果显示，与原始AGBNP模型相比，该新模型在结构和能量的测量上与参考明确溶剂模拟结果的符合度更好。
作者：Emilio Gallicchio, Kristina Paris, and Ronald M. Levy (Rutgers University)
论文ID：0903.3058
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-03-19