一种（可能的）数学模型用于描述生物“语境依赖性”：蛋白质结构的案例研究
摘要：生物现象的上下文依赖性在生物学的每个分支中都有充分的文献记录。尽管以前已经有一些尝试（隐式地）对生物上下文依赖性的各个方面进行建模，但对于生物学学生来说，找到一个形式化和普遍的数学构造来对上下文依赖性的广泛谱系进行建模仍然是困难的。本文提出了一个客观而严谨的模型，从“自下而上”和“自上而下”的角度来描述生物学中遇到的各种上下文依赖性，以作为模板。发现生物上下文之间的相互作用是可传递的但非交换的。发现生物上下文之间的依赖性具有分层的特性，可以有效地模拟出生物的新兴性质。通过提供一个通用模型来描述生物现实，解释了这些结果的原因。通过一种称为“上下文树”的构造，实现了生物上下文组织的分层结构的算法实施方案。对影响蛋白质结构的生物物理因子之间的上下文相互作用进行了基于“上下文树”的分析。
作者：Anirban Banerji
论文ID：0902.0664
分类：Other Quantitative Biology
分类简称：q-bio.OT
提交时间：2011-11-28