蛋白质结构相似性的最大团问题求解
摘要：蛋白质的分子生物学基本假设是共享相似三维结构的蛋白质很可能具有相同的功能，并大多源自同一祖先。因此，计算两个蛋白质结构之间的相似性是一项关键任务，并已经得到广泛研究。评估两个蛋白质的相似性可以通过在它们的组成部分之间找到一个最佳的一对一匹配来完成，这相当于在特定的“对齐图”中识别一个最大加权团。本文提出了一个新的整数规划模型来解决这类团问题。该模型已经使用ILOG CPLEX可调用库进行实现。此外，我们设计了一种专用的分支界定算法来解决最大基数团问题。这两种方法已经集成在VAST（Vector Alignment Search Tool）中，VAST是一款用于对齐蛋白质三维结构的软件，广泛应用于NCBI（国家生物技术信息中心）。原始的VAST团解算器使用了著名的Bron和Kerbosh算法（BK）。我们在真实的蛋白质对齐实例上的计算结果显示，我们的分支界定算法在最大的蛋白质上比BK快116倍。
作者：No"el Malod-Dognin (INRIA - Irisa), Rumen Andonov (INRIA - Irisa), Nicola Yanev
论文ID：0901.4833
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2009-02-02