通过结合预先计算的分子片段库估算的绝对自由能
摘要：分子的绝对自由能，或者等价地，可以使用适当的参考系统进行计算来估计。在这里，我们演示了一种实用的方法，通过基于一系列的片段来增长分子来进行这种计算。通过预先计算片段配置和相互作用并在各种分子中重复使用，可以节约大量的计算时间。我们使用这样的片段库和相互作用表来估计小肽的自由能。分子的平衡集合可以在没有额外计算成本的情况下生成，并通过与标准动力学模拟进行比较来检查我们的结果。
作者：Xin Zhang, Artem B. Mamonov, Daniel M. Zuckerman
论文ID：0901.3944
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-01-31