从有效连接配置重建蛋白质结构的随机分析
摘要：基于“有效连接性”的知识，我们讨论了一种从蛋白质的本征结构重建的随机方法。有效连接性是通过目标结构的接触图的特征向量的线性组合构建的一维结构概况。这种结构概况被用来在一个以均匀有限厚度的C_alpha链上以蒙特卡洛方案偏置构象空间的搜索，以接近目标结构。因此，结构信息通过有效连接性进入折叠动力学过程中，但是该相互作用不仅限于形成本地接触的氨基酸对，从而产生一个不依赖于最小困扰假设的自由能地形。此外，相比起相应的接触图，有效连接性向量可以更容易地从蛋白质的氨基酸序列进行预测，因此建议将这里介绍的随机协议与其他当前预测本地结构的方法相结合可能会更有效。
作者：Katrin Wolff, Michele Vendruscolo and Markus Porto
论文ID：0901.2878
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-01-20