三态蛋白质自由能景观解读的新方法
摘要：使用新的模拟方法来估计蛋白质在经过中间状态机械展开时乌野态和第一个过渡态之间的距离，以及中间状态和第二个过渡态之间的距离。假设端对端延伸ΔR是描述受外力作用的蛋白质自由能景观的良好反应坐标，我们通过常力或常加载速率牵拉模拟的时间依赖曲线中的两个平台的中点延伸ΔR*来定义。在前一种情况下，ΔR*被定义为ΔR时间依赖曲线中两个平台之间的中点，而在后一种情况下，它是力-延伸曲线中两个峰之间的中点。确定了ΔR*后，可以计算从乌野态开始穿越两个过渡态势垒所需的时间。借助Bell理论和微观动力学理论的帮助，可以利用这些展开时间的力依赖性来定位中间状态并提取展开势垒。我们已经将我们的方法应用于titin领域I27和Dictyostelium discoideum filamin的第四个领域（DDFLN4），并使用Cα-Go模型得出了与实验的合理一致性。
作者：Mai Suan Li, A. M. Gabovich, and A. I. Voitenko
论文ID：0812.1271
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-13