酿酒酵母亚细胞器中蛋白质相对稳定性的计算
摘要：在介质非平衡平衡条件下，开放系统中化学物种的分布可以表示为环境变量的函数，这些变量可以包括温度、氧化还原电位等。我们利用对不同模型系统进行的介质非平衡平衡计算来表征酵母细胞不同区域中蛋白质及蛋白质群之间的化学转化。 结果：随着氧逸度的增加，各主要亚细胞区域的模型蛋白质的相对稳定区域依次为线粒体、内质网、细胞质和细胞核。在较高氧逸度的介质非平衡平衡设置下，组成肌动蛋白的蛋白质占主导地位，但构成微管的蛋白质具有较低的化学活性。通过将已知的亚细胞间相互作用与假设的局部环境中氧逸度变化的计划相结合，预测了涉及微管和纺锤体极蛋白质的反应序列。在进一步的计算中，亚细胞间最丰富的蛋白质通常以与介质非平衡组合物的相对丰度弱相关的方式存在。然而，形成复合物的生理蛋白质群体通常与介质非平衡组合物中蛋白质的相对丰度呈整体正相关或负相关。 结论：本研究探索了酵母细胞中相互作用蛋白质的化学转化的热力学描述轮廓。结果表明，这些方法可以用来衡量一个自然生化过程或群体与吉布斯能量局部最小值的偏离程度。
作者：Jeffrey M. Dick
论文ID：0812.0191
分类：Subcellular Processes
分类简称：q-bio.SC
提交时间：2008-12-02