蛋白质中配体结合基序的全面结构分类
摘要：蛋白质配体相互作用的全面了解应该为蛋白质功能注释、研究蛋白质进化、工程酶活性和药物设计提供有用的基础。为了研究蛋白质结构中配体结合位点的多样性和普遍性，我们利用最近开发的数据库搜索和比对算法，对蛋白质数据银行中已知结构中的超过180,000个配体结合位点进行了全对全的原子级结构比较。通过将比较结果应用于混合的自上而下和自下而上的聚类分析，我们确定了大约3000个明确定义的配体结合位点的结构模式。除了少数例外，大多数结构模式被发现仅限于单个家族或超家族，并与特定配体相关。此外，我们分析了相似性网络的组成，并列举了超过4000对在不同蛋白质褶皱中共享的配体结合位点。
作者：Akira R. Kinjo and Haruki Nakamura
论文ID：0810.1327
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-02-11