参数化的k最佳对齐
摘要：参数对齐矩阵的最佳序列对齐取决于对齐评分参数。给定输入序列，参数对齐是一个经过深入研究的问题，它根据参数的变化，寻找所有可能的最佳对齐摘要，以及使每个最佳对齐摘要成为可能的评分参数的最佳区域。但是，对于所有的参数选择，生物学上正确的对齐可能是次优的。因此，我们将参数对齐扩展为参数化k最佳对齐，它要求找到所有可能的k元组(k-best对齐摘要)，以及使s_1、s_2、...、s_k成为前k个摘要的最佳参数的区域。通过利用对齐摘要的整数结构，我们发现，令人惊讶的是，参数化k最佳对齐的复杂性仅在k的多项式级别上。因此，参数化k最佳对齐是可行的，并且可以像参数化对齐一样在整个基因组范围内应用。
作者：Peter Huggins and Ruriko Yoshida
论文ID：0809.1473
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2008-09-10