使用多项式拟合技术准确估计溶剂自由能
摘要：提高自由能差估计的准确性和精确性的方法研究：热力学积分数据（相对于切换变量λ的自由能斜率）的拟合方法的应用和其在溶剂化自由能计算中的应用。核心思想是利用多项式拟合方案来近似热力学积分数据，以提高自由能差估计的准确性和精确性。这篇报告介绍了多项式和样条插值技术。我们使用两个解析可求解的相对自由能的系统来测试插值方法的准确性和精确性（Shyu和Ytreberg，J Comput Chem 30: 2297-2304，2009）。我们还使用插值和外推方法来确定小分子溶剂化自由能。我们的模拟结果表明，使用这样的多项式技术和非等距λ值，可以高精度地估计溶剂化自由能，而无需使用软核缩放和Lennard-Jones和部分电荷的分别模拟。我们的研究结果表明，这些多项式技术，特别是使用非等距λ值，提高了dF估计的准确性和精确性，而无需额外的模拟。为了让研究人员立即利用这些方法，我们提供了免费软件和文档，网址为http://www.phys.uidaho.edu/ytreberg/software。
作者：Conrad Shyu and F. Marty Ytreberg
论文ID：0809.0882
分类：Computational Physics
分类简称：physics.comp-ph
提交时间：2010-01-19