蛋白质-蛋白质能量景观的崎岖度和1/r^n势的截断
摘要：蛋白质-蛋白质能量景观的凹凸程度（人为凹凸度）的相对能量波动是以1/r^n势能为基础的蛋白质复合物简化模型进行研究的。与最小挫折原则相矛盾的是，人为凹凸度存在于短截断下，并随截断增加逐渐消失。对于n = 0-9，12的十一个常见的功率势和两个阈值为5％和10％，计算了截断的临界值。人为凹凸度在截断大于临界值时减小至可接受的阈值。结果表明，对于两个阈值，临界截断是势能功率n的非单调函数。这些函数在n = 3-4处达到最大值，然后随着势能的增加而减小。对于比1/r^12更快下降的势能，5％和10％人为凹凸度的两个截断之间的差异变得可以忽略不计。结果表明，在蛋白质-蛋白质势能中，可以推荐使用超过临界截断的截断。
作者：Anatoly M. Ruvinsky, Ilya A. Vakser
论文ID：0807.2236
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2008-07-15