鉴定蛋白质折叠中的关键残基：来自phi值和Pfold分析的见解
摘要：通过模拟phi值分析的代理和大量的突变实验，我们鉴定了具有不同本地几何结构的两个小型晶格Go聚合物的折叠反应中的核化残基。这些结果与基于反应坐标折叠概率Pfold和结构聚类方法的准确分析结果进行了比较。对于两个蛋白质模型，过渡态系列也是相当异质的，并分为结构不同的亚群体。对于更复杂的几何结构，确定的亚群体实际上是结构分离的。对于更简单的本地几何结构，我们发现了一个广泛的过渡态，其中包含微观异质性。对于两种几何结构，通过Pfold分析鉴定的折叠核与通过phi值分析进行的折叠核鉴定相一致。然而，对于更复杂的几何结构，应用的方法比更局部的几何结构给出了更一致的结果。转态结构研究揭示了核残基在转态中并不一定完全本地态。实际上，只有在更复杂的几何结构中，五个关键残基中的两个残基在转态中形成所有本地键的可能性相当高。因此，可以得出结论，总的来说，phi值与突变引起的折叠加速/减速相关，而不是与过渡态的本地性程度相关，并且phi值的传统解释可能只能为更复杂的本地几何结构提供更真实的过渡态结构图像。
作者：P.F.N. Faisca, R.D.M. Travasso, R.C. Ball and E.I. Shakhnovich
论文ID：0806.3064
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2008-09-06