解析深层系统发育的序列长度界限
摘要：进化生物学中，遗传序列携带了描述它们从共同祖先序列演化而来的底层树的痕迹。准确恢复这种演化关系所需的序列位点数取决于序列演化模型、替代率、分化时间和推断系统发生史的方法。当远古时期发生快速分化事件时，这对系统发生方法来说是一个特别具有挑战性的问题。我们在理想化的情况下分析了这个问题，其中一个对称的四分类树的末端边是内部边长度的某个因子（$p$）倍。我们确定了解析树所需的序列长度增长率的底限为$p^2$阶（与任何特定分支长度无关）。我们还展示了现有方法（包括简单的“最大简约法”）可以实现这种序列长度增长率，并将这些$p^2$阶界限与描述低同源性演化的$p$阶增长率进行了比较。在最后一节中，我们提供了对更一般的马尔可夫过程的序列长度要求的通用界限。
作者：Mareike Fischer, Mike Steel
论文ID：0806.2500
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2008-06-17