从三元组构建最简单的系统发育网络
摘要：用一个最简单的可满足输入集合T的系统可以构建一个生成树的演化历史，其中包含称为重组、杂交或横向基因转移的相交。在这里我们考虑构建一个与输入集合T一致的最简单的系统，其中T至少包含一棵包含三个叶片（三元组）的生成树，每组三个分类单元一起考虑。为了量化一个系统的复杂性，我们考虑相交的总数和每个双连通分量上的相交数，称为系统的水平。我们给出了在多项式时间内构建一个水平-1系统和一个水平-2系统的算法，它们包含最小数量的相交，并且与T一致（如果这样一个系统存在的话）。此外，我们还表明，如果T与某个系统一致的三元组集合完全相等，那么如果k是系统水平的固定上限，我们可以在时间O(|T|^(k+1))内构建出具有可能最小水平的系统。
作者：Leo van Iersel and Steven Kelk
论文ID：0805.1859
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2008-05-16