从稀疏上下文树中检测出的系统发生关系
摘要：使用与序列相关联的上下文树之间的距离，来研究序列之间的相似性。这些树是在稀疏概率后缀树（SPST）框架下定义的，并且可以使用SPST算法来估计。我们实现了Phyl-SPST软件包来计算使用SPST算法估计的稀疏上下文树之间的距离。该距离考虑了树的结构，并间接考虑了转移概率。我们将此方法应用于重建脊椎动物血红蛋白家族蛋白序列的系统发生树。我们将此树与使用众所周知的PAM距离得到的树进行比较。
作者：Florencia Leonardi, Sergio R. Matioli, Hugo A. Armelin and Antonio Galves
论文ID：0804.4279
分类：Applications
分类简称：stat.AP
提交时间：2008-04-29