SIRENE：监督推断调控网络
摘要：基因表达程序是细胞的产物，涉及到数千个基因的调控转录。了解转录调控网络是理解细胞工作机制所必需的，例如可以用于发现新的治疗靶点。虽然已经提出了几种从基因表达数据中推断基因调控网络的方法，但最近一项大规模基准实验的比较结果显示，目前大多数方法仅以合理的精确度预测了有限数量的已知调控。我们提出了一种新的基于表达数据推断基因调控网络的方法SIRENE。该方法将基因调控网络推断问题分解为大量的局部二元分类问题，针对每个转录因子将目标基因与非目标基因进行区分。SIRENE的概念简单且计算效率高。我们在一个旨在预测大肠杆菌调控的基准实验中对其进行了测试，并显示其比其他最先进的推断方法检索到更多已知调控的数量增长了约6倍。
作者：Fantine Mordelet, Jean-Philippe Vert
论文ID：0802.3959
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2011-02-21