从基因树推断物种树的共识方法特性
摘要：多数规则和根化三重共识树根据基本进化模型，从大量按照共群理论中的基因树概率出现的独立基因树构建共识树。我们考虑了在基因树数量趋近于无穷大和有限基因数的情况下，从已知基因树构建多数规则、根化三重和贪婪共识树。研究结果显示，在一些物种树分支长度的组合中，增加独立位点的数量可能会使多数规则共识树更有可能部分无法解决，并且贪婪共识树更不可能与物种树匹配。然而，当基因树数量趋近于无穷大时，根化三重共识树具有物种树拓扑的概率趋近于1。尽管贪婪共识算法在增加基因树数量时可能最快收敛到正确的物种树，但也可能导致误导。多数规则共识树不是物种树拓扑的误导估计器，而根化三重共识树是物种树拓扑的统计一致估计器。因此，我们的研究结果提出了一种使用多个位点来推断物种树拓扑的方法，即使它与最可能的基因树不一致。
作者：James H. Degnan
论文ID：0802.2355
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2008-02-19