非均质DNA熔化的统计物理学
摘要：不均匀性如何影响DNA熔化过程中的相变是我们研究的问题。与以往关注于许多不均匀序列的平均热力学量的研究不同，我们聚焦于具体的序列，并研究导致其解离的局部开启序列的连续性。为了达到这个目的，我们使用了两种不同的动力学模型，分别是异质的Dauxois-Peyrard-Bishop模型和基于有限堆叠焓的模型，我们最近提出的。研究结果显示，对于这两个模型，异质性的主要效应是让不同部分的序列在略微不同的温度下开放。除了这种宏观效应之外，每个部分的局部开启实际上与具有相同长度的均质序列非常相似。因此，每个局部开启转变的舍入仅仅是一个尺寸效应。对于Dauxois-Peyrard-Bishop模型，拥有几千个碱基对的序列仍然远离热力学极限，因此对于该模型，讨论与每个局部开启相关的相变的阶数是不适当的。相反，对于我们提出的模型，拥有几百到几千个碱基对的序列已经非常接近热力学极限。因此，能够估计临界指数的温度间隔足够广泛。根据我们所研究的几个实例，我们得出的结论是，对于我们的模型而言，无序并不一定会导致相变的阶数减小。
作者：Sahin Buyukdagli and Marc Joyeux
论文ID：0801.2837
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2008-03-07