唯一性、难解性和精确算法：关于级别-k 系统发育网络的反思
摘要：从三元组构建k级别的系统发生树网络的问题：一种可以描述和可视化经历所谓的重组、杂交或水平基因转移等系统发生事件的演化历史的方法。网络的级别k决定了演化可以有多么非树状，其中级别-0的网络是树。我们研究了从三元组构建级别k的系统发生树网络的问题，即对于三个叶片（物种）的系统发生树。对于每个k，我们给出了一个能够唯一地由其三元组定义的级别k的网络。我们通过使用此结果证明了其适用性，即（1）对于至少一个k，构建一个与所有输入三元组一致的k级别网络是NP-难的；（2）对于所有k，构建与最大数量的输入三元组一致的k级别网络是NP-难的，即使输入是稠密的。为了应对这种难以处理的问题，我们提供了一个精确算法，用于构建与最大数量的输入三元组一致的级别1网络。
作者：Leo van Iersel, Steven Kelk and Matthias Mnich
论文ID：0712.2932
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2008-07-21