记忆CD8 T细胞分化的统计分析：将层次状态空间模型应用于短时间程微阵列实验
摘要：CD8 T细胞在调控抗病毒免疫应答和产生保护性免疫中起着重要作用。本文通过短时程微阵列实验研究了免疫应答中记忆CD8 T细胞的分化。从结构上看，这个实验与许多实验相似，它涉及对独立样本的测量，在一个生物学组中，在一小组不规则时间点上，并且表现出时间非平稳的模式。为了分析这个CD8 T细胞实验，我们开发了一个分层状态空间模型，以便可以：（1）检测时间上差异性表达的基因，（2）确定随时间的连续变化的方向，和（3）评估随时间的连续变化的大小。我们在模型中加入了隐马尔可夫模型，以利用时间序列中嵌入的信息，并在经验Bayes框架中建立了所提出的分层状态空间模型，以利用大规模数据中的群体信息。使用所提出的模型对CD8 T细胞实验进行分析得出了具有生物学意义的结果。记忆CD8 T细胞分化中涉及的时间模式分别总结，并在模拟研究中说明了所提出模型的性能。
作者：Haiyan Wu, Ming Yuan, Susan M. Kaech, M. Elizabeth Halloran
论文ID：0712.1124
分类：Applications
分类简称：stat.AP
提交时间：2009-09-29