泊松-玻尔兹曼计算中边界组成的系统研究
摘要：Poisson Boltzmann计算依赖于溶质和溶剂之间边界的形状、大小和几何形状，我们描述了一个三阶段的过程来分析这种依赖关系。我们的研究是在边界元形式主义下进行的，但我们的结果也对Poisson Boltzmann计算的有限差分技术感兴趣。首先，我们确定了离散化边界的几何元素的临界尺寸，从而确定了确立数值收敛所需要的分辨率。接下来的两个步骤中，我们使用可极化连续模型和高级密度泛函以及高质量基组对一组不同构象的二肽进行参考计算。然后，我们提出了一个定义适当边界几何形状的机制。最后，我们将经典的Poisson Boltzmann描述与量子化学描述进行比较，并旨在找到适当的拟合参数以接近参考数据。令人惊讶的是，当使用默认的AMBER部分电荷和在前两个阶段得到的严格几何参数时，不需要对部分电荷进行缩放，并且可以自动获得与参考集最佳匹配。
作者：P. Kar, Y. Wei, U.H.E. Hansmann, S. Hoefinger
论文ID：0711.4084
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2007-11-27