利用数据库管理系统，在原子分辨率下进行局部蛋白结构的相似性搜索
摘要：蛋白质中搜索局部结构相似性的一种方法。通过使用具有适当的几何数据索引的传统关系数据库管理系统，可以在合理的CPU时间内处理大量的结构数据。这种方法被称为几何索引，可以在几小时的CPU时间内在普通台式计算机上枚举与查询蛋白质的亚结构在超过160,000个可能的候选项中具有结构相似性的配体结合位点。通过几何索引搜索检测到一组高分数的配体结合位点后，通过迭代应用匈牙利算法构建原子分辨率下的结构对齐，并从基于Gamma分布的经验模型中估计最终分数的统计显著性。应用此方法于几个蛋白质结构清楚地表明，可以检测到非同源蛋白质以及同源蛋白质的局部结构之间的显著相似性。
作者：Akira R. Kinjo and Haruki Nakamura
论文ID：0711.1012
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-12-28