蛋白质家族标志的性质：基于位置特异性评分矩阵的奇异值分析洞察
摘要：位置特定评分矩阵（PSSM）在蛋白质序列分析中用于检测弱同源性，并被认为包含了蛋白质家族的一些必要标志。为了阐明构成这种特异性标志的成分种类，我们对一组PSSM应用奇异值分解并检查主要的右奇异向量和左奇异向量的性质。第一个右奇异向量与各种氨基酸指标相关，包括相对易突变性、蛋白质内部氨基酸组成、亲水性或转弯倾向，这取决于蛋白质。观察到第一个左奇异向量与位点保守性的测量之间存在显著相关。结果显示，第一个奇异分量对于在保守位点上不利于潜在但虚假的功能重要残基的PSSMs起到作用。第二个右奇异向量与亲水性尺度高度相关，相应的左奇异向量与蛋白质结构的接触数相关。建议PSSM的序列比对本质上等同于加上功能信息的刺绳。所提出的方法可用于将功能重要位点与结构重要位点分开，因此可以用于预测蛋白质功能。
作者：Akira R. Kinjo and Haruki Nakamura
论文ID：0711.1010
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2008-04-14