CLePAPS：基于构象字母的蛋白质结构快速配对对齐
摘要：快速、高效和可靠的蛋白质结构配对比对算法在分析快速增长的蛋白质结构数据方面需求不断增加。CLePAPS是为此目的开发的工具。它通过使用构象字母（conformational letters）来与其他现有算法区分开来，这些字母是3D片段结构状态的离散化表示。一个字母对应于由四个相邻残基的C_alpha伪键形成的三个角的组合的簇。一个称为CLESUM的替代矩阵可用于衡量任意两个这样的字母之间的相似性。CLePAPS将匹配的片段对（AFP）视为具有高度累积的CLESUM分数的无间隔字符串对。使用CLESUM分数作为相似性度量，CLePAPS通过简单的字符串比较搜索AFP。最佳重叠高度相似AFP的变换可用于在比较的结构对之间进行重叠。与其他多个AFP一致的高分 AFP 确定了初始配对。然后，CLePAPS通过其相似性分数将一致的AFP进行连接，以扩展配对。后续的优化产生了最终的配对。CLePAPS不实现动态规划。测试了CLePAPS在各种蛋白质结构对上的效用。
作者：Sheng Wang and Wei-Mou Zheng
论文ID：0710.5817
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2007-11-01