最坏情况下用于在系统发育网络中最大化三元一致性的近似算法
摘要：计算进化生物学中的一个问题涉及以下问题。对于给定的系统进化网络子类，对于0 <= p <= 1的每个输入集T，存在某个子类网络N（T），使得至少有p|T|的三联组与N（T）一致吗？在这里，我们证明了以某种方式定义了p的包含所有三联组（完整三联组集）的集合，并且任何实现完整三联组集比例p'的网络N均可在多项式时间内转化为同构网络N'（T），从而实现任意三联组集T的>= p'。我们通过为系统进化网络（系统进化树的一个广泛研究扩展）提供最坏情况下的最优算法来展示这一结果的优势，这明显改进了最近Jansson,Nguyen和Sung的5/12比例。对于二级系统进化网络，我们证明了p >= 0.61。我们指出，本文中的所有结果也适用于带权三联组集。
作者：Jaroslaw Byrka, Pawel Gawrychowski, Katharina T. Huber, Steven Kelk
论文ID：0710.3258
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2008-02-13