生物序列比较的几何方面
摘要：将生物序列之间的全局和局部相似性转化为拟度量的一般性框架的提议。与之前的工作相比，我们的表述允许由于字符串的不均匀加权而导致的非对称距离，这可能会在生物序列集合上引入非平凡的偏序关系。此外，我们考虑的$ell^p$型距离比传统的对应于$ell^1$情况的广义字符串编辑距离更通用，并且可以将序列相似性转化为更广泛的评分方案的距离。我们的构造需要比常规使用的间隙惩罚要少得多。提供了大量示例来说明引入的概念及其潜在应用。
作者：Aleksandar Stojmirovi''c and Yi-Kuo Yu
论文ID：0710.2555
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2009-04-17