DrosOCB：果蝇保守非编码序列的高分辨率图谱
摘要：利用比较基因组学方法来辅助非编码DNA区域的功能注释已广泛应用。然而，对非编码序列进行比对需要新的算法和策略，以考虑到进化过程中的广泛重排和变化。在这里，我们提出了一种新颖的大规模比对策略，旨在在基因组之间绘制一个精确的保存的非编码区域的图谱，即使这些区域经历了小规模的重排和一定程度的序列变异。我们应用了我们的比对方法，获得了黑腹果蝇和其他11种果蝇物种之间的保存的非编码区块目录。有趣的是，我们观察到许多小规模的重排事件，如局部倒位、重复和易位，这些在当前可用的整个基因组比对中是不可观察的。观察到的高速低规模重排序表明，这些保存的非编码区块可以成为几个与果蝇调控DNA进化和计算机辅助识别未注释功能元素相关的研究的起点。
作者：L. Martignetti, M. Caselle, B. Jacq and C. Herrmann
论文ID：0710.1570
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2007-10-09