蛋白质折叠动力学中的过渡态：小型β-折叠蛋白Phi值建模
摘要：小单域蛋白通常只展现在变性态和天然态之间一个自由能壁垒或过渡态。这些蛋白质的折叠动力学通常通过突变分析来研究。一个核心问题是通过突变数据可以推导出过渡态的哪些结构信息。在本文中，我们对两个小β-折叠蛋白，PIN和FBP WW结构域的突变φ值进行了建模和结构解释。这些WW结构域的天然结构包括两个β-发丝形成的三链β-折叠。在我们的模型中，我们假设过渡态由两种构象组成，其中一个发丝形成。这样的过渡态最近在一个设计的小三链β-折叠蛋白的分子动力学折叠和展开模拟中观察到。通过将突变引起的自由能变化拆分为两个发丝和蛋白质的小疏水核心的项，并通过拟合一个单一参数，即发丝1和发丝2在过渡态中的相对程度，我们与实验数据得到很好的一致性。该模型有助于理解突变如何影响WW结构域的折叠动力学，并且也能解释一直难以解释的负的φ值。
作者：Thomas R. Weikl
论文ID：0709.3359
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-13