基因组景观与噬菌体密码子使用
摘要：嵌入式代码：跨所有生物界的生物中，蛋白质编码基因表现出不均衡的同义密码子使用率。尽管存在多种理论，但翻译选择已被接受为塑造原核生物和简单真核生物密码子使用模式的重要机制之一。本文分析了感染大肠杆菌、铜绿假单胞菌和乳酸乳球菌为主要宿主的74种多样化细菌噬菌体的密码子使用模式。我们引入了“基因组景观”概念，有助于揭示基因组中的非平凡的、远程的密码子使用模式。我们开发了一系列随机化测试，允许我们研究密码子使用的一个方面（例如GC含量）的显著性，同时控制另一个方面（例如适应宿主首选密码子）。我们发现33个噬菌体基因组在其GC3含量、宿主首选密码子使用或两者方面都展现出高度非随机的模式。我们表明，这些噬菌体的头部和尾部蛋白相对于非结构性噬菌体蛋白显著偏好于宿主首选密码子。我们的结果支持翻译选择假说，认为噬菌体基因在广泛的细菌噬菌体范围内偏好宿主首选密码子。
作者：Julius B. Lucks, David R. Nelson, Grzegorz Kudla, Joshua B. Plotkin
论文ID：0708.2038
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2008-03-04