构象凝胶分析与图形：利用NMR和分子力学测量侧链旋转异构体的数量
摘要：构象凝胶分析法及其图形化系统地确定和评估了传统多肽或蛋白质结构确定方法找到的侧链构象的合理替代方案。所提出的分析确定了侧链旋转异构体的种群和这些种群的概率分布。对于多肽或蛋白质的每个侧链，重复以下步骤：首先，从一个代表性的整体构象中提取侧链旋转异构化的局部分子力学；其次，扩展主导的旋转异构体集，包括所有可能的旋转异构体，即使这些旋转异构体只占种群的一小部分；第三，评估邻近耦合常数和NOESY交叉弛豫速率对旋转异构体种群的限制。在这篇文章中，我们将构象凝胶分析应用于钴甘氨酸-亮氨酸二肽，并详细介绍了将该分析推广到其他多肽和蛋白质中的氨基酸侧链所需的步骤。对于埋藏在蛋白内部的侧链来说，值得注意的是，可能的旋转异构体集合中可能包含一个或多个传统核磁共振（NMR）结构确定方法未能识别出的旋转异构体。在这种情况下，构象凝胶图形化完全考虑了分子力学和NMR数据约束对种群估计的相互作用。该分析特别适用于识别只占种群一小部分的侧链旋转异构体，但这些异构体在结构上和功能上可能非常重要。
作者：Christopher Haydock
论文ID：0706.0229
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2007-06-05