二亮氨酸肽的退火重要性采样
摘要：锻炼重要性抽样是一种方法，用于为由模拟退火协议生成的非平衡样本分配平衡权重。然后可以使用这些权重来计算平衡平均值，并作为所选择的冷却进程的“绝热签名”。在本文中，我们在50个原子的二亮氨酸肽上展示了该方法，并显示出可管理的冷却进程达到了平衡分布。对于这个系统，在这里天真地实施时，该方法比恒温模拟稍微更高效。然而，每当进行任何模拟加热或冷却时（在模拟项目开始时或在NMR结构计算期间通常这样做），都值得考虑该方法，因为它容易实施且需要最少的额外CPU费用。此外，这里呈现的天真实现还可以改进。
作者：Edward Lyman and Daniel M. Zuckerman
论文ID：0704.0464
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-13